Bij de Yorkshire Terriër komen verschillende rasafwijkingen voor.

Brachycefaal obstructief syndroom (BOS)
Het BOS syndroom is een aandoening die voorkomt bij hondenrassen met een stompe of korte schedel. Het schedel groeit uit tot een normale breedte, maar het schedel groeit niet door in de lengte. Hondenrassen met BOS hebben te weinig ruimte voor alle onderdelen in de kop. Een voorbeeld hiervan is het zachte gehemelte. Deze is bij honden met BOS te lang. Dit leidt tot belemmering van de ademhaling en hierdoor ontstaat benauwdheid. Ook zijn de neusgaten te nauw waardoor de benauwdheid erger wordt. De verschijnselen zijn verminderde uithoudingsvermogen, snurken, ademhalen door de mond, kokhalzen, rusteloze slaap, blauwkleuring van de slijmvliezen en flauwvallen. 

BOS is een aandoening die veel bij Yorkshire Terriërs voorkomt. Het staat bovenaan de lijst van de ernstige aandoeningen. 

BOS is bijna niet behandelbaar. Er is ook geen DNA-test beschikbaar om BOS te laten testen.

Progressieve retina atrofie (PRA)
PRA is een aandoening waarbij het netvlies verslechtert. Nachtblindheid is een van de eerste symptomen van PRA. De nachtblindheid zal uiteindelijk leiden tot blindheid. De diagnose wordt gesteld op basis van de verschijnselen. Er wordt eerst een lichamelijk onderzoek gedaan en vervolgens wordt er een uitgebreid oogonderzoek gedaan. Via een DNA-test kan er al vroeg gekeken worden of de hond aan de aandoening lijdt waardoor deze dieren uitgesloten kunnen worden van het fokken. De DNA test is niet voor elk hondenras beschikbaar. 

PRA is een aandoening die veel bij Yorkshire Terriërs voorkomt. Bij de Yorkshire Terriër is er een DNA test beschikbaar waadoor PRA al vroeg getest kan worden. 

Chiari malformatie
Chiari malformatie is een aandoening die veroorzaakt wordt omdat de schedel te klein is voor de hersenen. Het gevolg hiervan is dat de kleine hersenen naar achteren worden gedrukt, in het achterhoofdsgat. Op dit punt ontstaat een blokkade, omdat hier ook het ruggenmerg begint. Hierdoor zijn de drukverhoudingen in het ruggenmerg verstoord. Het gevolg hiervan is dat er een syringomyelie ontstaat, wat betekent dat er holtes in het ruggenmerg of in de hersenen ontstaan.  

Chiari malformatie is een aandoening die veel bij de Yorkshire Terriër voorkomt. 

Calvé-legg-perthes
De ziekte van Calve-legg-perthes is een heupaandoening. Dit komt door onvoldoende bloedtoevoer naar de kop van het dijbeen. Hierdoor ontwikkeld het kraakbeen in het dijbeen niet goed waardoor er artrose en pijn ontstaat. Het komt vooral voor bij jonge honden en kleune honden. De ziekte is bijna niet behandelbaar en er is geen DNA test beschikbaar voor deze ziekte.

Ook deze ziekte komt veel voor bij de Yorkshire Terriër

Keratoconjunctivitis sicca (KCS)
KCS is een oogaandoening die veroorzaakt wordt door te weinig traanproductie. Tranen zijn erg belangrijk voor het reinigen van het oog, transport van voedingsstoffen, het tegengaan van infecties en transparantie van het hoornvlies. Bij verminderde of afwezige traanproductie raken de ogen geïrriteerd, worden de ogen rood en zijn ze gevoelig voor ontstekingen en beschadigingen. De hond gaat veel knippen en knijpen met het gevoelige oog.  KCS is slecht te behandelen. 

Bij Yorkshire Terriërs zijn de traanbuizen soms niet goed ontwikkeld. De ziekte komt veel voor bij de Yorkshire Terriër.